.bash_logoutに以下のように記述するとCygwinを終了するときについでにWindowsも終了するかどうか選ぶようにすることが出来ます。
CygwinからのlogoutをAbortする機能付き。
使い方:
1. "exit"か"logout"と入力するか、Ctrl+Dを押してCygwinを終了します
2. "Do you want to shutdown? [ynAr]" と表示されるので、
"y"を押す→Windowsもシャットダウンします
"n"を押す→Cygwinのみ終了します
"r"を押す→再起動します
上記以外のキーを押す→logoutを中止します
ソース:
.bashrc/.bash_profileはGitHubにて公開中